2004. 6. 11 경상남도 법인설립 허가
2004. 7. 1 초대원장 곽종철 취임
2004. 9. 6 재단법인 우리문화재연구원 개원
2005. 2. 15 한국문화재조사연구전문기관협회 가입
2006. 4. 1 연구원 확장 이전(현 소재지)
2006. 7. 24 문화재청 법인설립허가, 기존법인해산, 신규법인 문화재청 설립허가, 법인명칭변경(전국 지표·시굴·발굴조사 가능)
2011. 8. 4 관계법령 정비로 인한 조사기관 재선정 조사기관등록(제2011-062호, 육상 지표·발굴·수중지표)
2014. 6. 26 우리문화재연구원 개원 10주년
2014. 6. 26~27 우리문화재연구원·수리토목연구회 공동 국제학술대회 「수리․토목고고학의 현상과 과제」개최 - 수자원학회·한국연구재단 후원
2016. 6. 11~9. 21 주민참여 프로그램 「응답하라 416 (부제: 함안 말이산 고분군의 기억을 찾아서)」개최 - 문화재청 후원
2018. 7. 25 우리문화재연구원 개원14주년 기념 「수리·토목고고학의 현상과 과제Ⅱ」 발간
2023. 1. 6 2022년 연구조사발표회 주최 - 영남지역문화재조사연구기관협의회 주관 - 국립김해박물관·우리문화재연구원
2022. 3. 25 ~ 2023. 1.18 3차년도 역사문화자원 전수조사 및 관리방안 연구 용역사업 (문화재청, 우리문화재연구원, (사)한국건축역사학회, (재)불교문화재연구소, 건축공간연구원)
2024. 3. 1 이보경 원장 취임
2004. 8 경북과학대학 산학협력 협약체결
2004. 11 日本 큐슈오키나와 수중고고학협회 협약체결
2009. 7 부경대학교 박물관 업무 협약체결
2010. 5 한국노인인력개발원, 노인일자리창출관력 협약체결
2010. 6 신라대학교 사학과, 산학협력체결
2016. 5 (사)한국건축역사학회 업무협약체결
2010. 12 보건복지부장관 표창수상(장관 진수희, 제74076호) 노인일자리창출 기여
2011. 12 고용노동부장관 표창수상(장관 이채필, 제2011-372호) 일자리창출 기여
2015. 11 문화재청장 상장수상(청장 나선화, 제2015-245호) 발굴조사보고서 평가 최우수