2004. 6. 11 경상남도 법인설립 허가
2004. 7. 01 초대원장 곽종철 취임
2004. 9. 06 재단법인 우리문화재연구원 개원
2005. 2. 15 한국문화재조사연구전문기관협회 가입
2006. 4. 01 연구원 확장 이전(현 소재지)
2006. 7. 24 문화재청 법인설립허가, 기존법인해산, 신규법인 문화재청 설립허가, 법인명칭변경(전국 지표·시굴·발굴조사 가능)
2011. 8. 04 관계법령 정비로 인한 조사기관 재선정 조사기관등록(제2011-062호, 육상지표·발굴·수중지표)
2014. 6. 26 우리문화재연구원 개원 10주년
2014. 6. 26~27 우리문화재연구원·수리토목연구회 공동 국제학술대회 「수리․토목고고학의 현상과 과제」개최 - 수자원학회·한국연구재단 후원
2016. 6. 11~9. 21 주민참여 프로그램 「응답하라 416 (부제: 함안 말이산 고분군의 기억을 찾아서)」개최 - 문화재청 후원
2018. 7. 25 우리문화재연구원 개원14주년 기념 「수리·토목고고학의 현상과 과제Ⅱ」 발간
2023. 1. 6 2022년 연구조사발표회 주최 - 영남지역문화재조사연구기관협의회 주관 - 국립김해박물관·우리문화재연구원
2022. 3. 25 ~ 2023. 1.18 3차년도 역사문화자원 전수조사 및 관리방안 연구 용역사업 (문화재청, 우리문화재연구원, (사)한국건축역사학회, (재)불교문화재연구소, 건축공간연구원)
2004. 8 경북과학대학 산학협력 협약체결
2004. 11 日本 큐슈오키나와 수중고고학협회 협약체결
2009. 7 부경대학교 박물관 업무 협약체결
2010. 5 한국노인인력개발원, 노인일자리창출관력 협약체결
2010. 6 신라대학교 사학과, 산학협력체결
2016. 5 (사)한국건축역사학회 업무협약체결
2010. 12 보건복지부장관 표창수상(장관 진수희, 제74076호) 노인일자리창출 기여
2011. 12 고용노동부장관 표창수상(장관 이채필, 제2011-372호) 일자리창출 기여
2015. 11 문화재청장 상장수상(청장 나선화, 제2015-245호) 발굴조사보고서 평가 최우수